Kogoro y Conan viajan a Yokohama por la solicitud de un cliente desconocido, pero caen en una trampa, y Ran y los Detectives Junior son tomados como rehenes. Si no resuelven el caso en el plazo de doce horas, las bombas vinculadas a los rehenes estallarán. Además el captor sabe que Conan es Shinichi Kudo y se unen al conflicto Kaito Kid y Hattori Heiji. ¿Podrán solucionar el misterio dentro del plazo?

Una adolescente sufre un accidente y descubre que desde entonces puede saltar hacia atrás y hacia delante en el tiempo, poder que utilizará para encauzar su caótica vida estudiantil y amorosa en el instituto.

Algo peligroso es robado de un laboratorio por una misteriosa organización, el grupo terrorista 'El siamés rojo', y amenazan con volver a aparecer en siete días. Mientras tanto, Jirokichi Suzuki acaba de terminar el dirigible más grande del mundo, el 'Bell Tree II', el gran proyecto para poder capturar a su rival, Kaito Kid. Kid responde al reto y los medios están al tanto de esta batalla que tiene como escenario el cielo. En el dirigible viajan el inspector Nakamori, Kogoro, Ran, Conan y la liga juvenil, invitados de Jirokichi, y también algunos reporteros.

Hace 300 años, un experimento con plantas en la luna acabó con medio satélite y con la población de la Tierra. Ahora sólo unos pocos supervivientes cohabitan en las ruinas de las antiguas ciudades. Una de estas ciudades es Neutral, donde vive Agito, un muchacho que siempre está metiendose en líos con su mejor amigo. Su padre, uno de los tres fundadores de la ciudad, y quizás el más importante, se convirtió en un humano mejorado al llegar a un acuerdo con el bosque y sus criaturas.

Tras una serie de asesinatos en Tokio y Kanagawa, policías de todo Japón se reúnen para asistir al encuentro relacionado con el caso. Conan ve como un hombre entra en el coche de Gin y sospecha que el caso está relacionado con los hombres de negro. Uno de ellos se hace pasar por un miembro de la policía y va en busca de un disco de memoria de su organización.

El 'Edge of Ocean' será la nueva sede de la cumbre de Tokyo, custodiada por más de 22.000 policías, ¡ocurre una gran explosión! Allí se encuentra Tooru Amuro, miembro de la organización secreta conocida como 'Zero' que controla la policía de seguridad pública de todo el país. Conan sospecha de una explosión ocurrida días antes de la cumbre y del misterioso comportamiento de Amuro, que se mueve en secreto. En ese momento se encuentran unas huellas digitales en la escena del crimen y coinciden con las huellas de Kogoro Mouri, ¡quien perteneció a la policía en el pasado! ¿Acaso se trata de una conspiración? Conan y Amuro inician la investigación alrededor del arresto de Kogoro.

Hace 15 años el carguero 'Yashiromaru I' se hundió al norte del Océano Atlántico tras chocar contra un iceberg. El trágico accidente provocó conmoción en su tiempo. Conan y compañía resultan invitados al viaje inaugural del Aphrodite, un nuevo crucero de lujo que recorrerá el Pacífico. Una serie de asesinatos convierte el viaje en una pesadilla que aterroriza a los tripulantes por lo que Conan y sus amigos deberán frenar y resolver la situación.

Un hombre enmascarado con katana y arco ha matado a un hombre en Tokyo, aparentemente también ha sucedido lo mismo en Kyoto y Osaka. Por este motivo llaman a Kogoro para resolver el caso, acompañado de Conan y Ran. Además al grupo también se unirá Heiji, quién conocerá a su primer amor. (FILMAFFINITY)

La historia gira en torno a la boda de los Detectives Sato y Takagi, la cual se ve interrumpida por un asalto del que acaba llevándose lo peor este último. Mientras tanto, se produce una fuga de cárcel en la que está involucrando el perpetrador de un atentado, y Rei Furuya se cruza con una misteriosa persona disfrazada que acaba poniéndole un collar explosivo. A medida que Conan y los suyos empiezan a investigar todos los hechos, se convierten en el objetivo de un grupo muy peculiar.